براساس مأموريت پژوهشكده اقتصاد انرژي و نمودار سازماني مصوب و تطبيق با حوزههاي مشمول تعريف
مقوله اقتصاد انرژي، گروههاي سهگانه ذيل به عنوان گروههاي كاري اين پژوهشكده به فعاليت ميپردازند:
گروه مطالعات اقتصاد منابع هيدروكربوري و ساير منابع
گروه مديريت انرژي
گروه بازارها و مجامع بين المللي انرژي